De reactor is een belangrijke schakel in de productie van radio-isotopen voor de medische sector en speelt een prominente rol in internationaal energieonderzoek. In augustus 2008 werd tijdens een standaard in-service inspectie een bellenspoortje waargenomen in de primaire koelwaterleiding van de HFR. Hoewel geen sprake was van een lek besloot NRG de reactor niet op te starten maar uitvoerig onderzoek te doen naar de omvang, oorzaak en consequenties van de vervormingen. Op 12 februari 2009 kreeg NRG toestemming voor het opstarten en tijdelijk in bedrijf nemen van de HFR met extra veiligheidsmaatregelen. Tegelijkertijd werd gekeken naar de mogelijkheden voor de reparatie. Als onderdeel van een HFR ‘return-to-service’ programma ontwikkelde NRG een plan voor de herstart van de reactor. Ook werd een gedetailleerd reparatieplan gemaakt voor het herstel van de aangetaste koelwaterleidingen. 

De reparatievoorbereidingen namen twaalf maanden in beslag. In die tijd werden de reparatietechnieken en het plaatsen van de stralingsafscherming uitgebreid beproefd en getest. Zowel mensen, materialen als reparatiemethoden werden in overleg met de bevoegde autoriteiten door externe instanties gekwalificeerd. Op verzoek van NRG en de autoriteiten beoordeelden diverse onafhankelijke deskundigen uit binnen- en buitenland alle aspecten van de reparatie inclusief het toezicht op de uitvoering van de werkzaamheden.

Op 19 februari 2010 ging de definitieve reparatie van start. De te herstellen onderdelen van de primaire koelwaterleiding bevonden zich onder de reactorkern en waren ingegoten in een betonnen vloer. De locatie en de strenge veiligheidseisen maakten de operatie bijzonder en uitdagend. Veiligheid en gezondheid van alle betrokken medewerkers stonden tijdens de reparatie te allen tijde voorop.

Om de werkers tegen straling vanuit de reactorkern te beschermen, werd een op maat gemaakte densimet stralingsafscherming in én om het reactorvat geplaatst met behulp van op afstandbestuurbare apparatuur. Hierna werd het bassin leeggepompt om zo de reparatie ‘droog’ uit te kunnen voeren. Vervolgens zijn de reducers via de onderzijde vrij gemaakt door middel van betonkernboringen. Op basis van de inspectie- en meetresultaten van de blootgelegde reducers besloot NRG in overleg met autoriteiten de reparatie lokaal uit te voeren. De aangetaste delen werden verwijderd waarna op die locaties nieuw aluminium leidingmateriaal werd ingelast. Op 30 juni werd de lasfase met succes afgesloten waarna de sparingen in het beton zijn hersteld met zwaar beton. Ook de verwijdering van de densimet stralingsafscherming verliep voorspoedig. Na uitgebreide veiligheidstesten vond de herstart van de Hoge Flux Reactor op 9 september 2010 met succes plaats.